觉囊派教法渊源于域莫•弥觉多吉（12世纪初时人）。他曾向许多人学习过时轮金刚和密集等密法，后来创立「他空」的见解，成为该派独特的见解。

弥觉多吉的五传弟子衮邦突结尊追（1243～1333）在拉孜东北建立了觉莫囊寺，该派因此而得名。突结尊追的著名弟子是凯尊云丹嘉错（1206～1327），他曾学习过卓译师传授的时轮金刚密法。他的弟子是笃补巴（1290～1361）。到笃补巴时觉囊派才兴盛起来，他曾学习过萨迦派教法，因此，有人说觉囊派是公元14世纪初从萨迦派分生出来的。

笃补巴原名希饶坚赞，笃补巴是他的出生地，故名笃补巴。他早年在萨迦寺讲经，所讲内容涉及噶当派的《入菩提作论》。因萨迦派禁止讲其他教派的书，所以他的举动得罪了萨迦寺的上层喇嘛，于是他只得离开萨迦寺，到前后藏各大寺云游。他31岁时到了觉囊寺，向凯尊云丹嘉错学习“时论金刚”等密法，35岁时继任觉囊寺座主。他著作很多，除论述“他空见”之外，还有许多密宗、历算等方面的著作。其弟子甚众，常随其后的就有两千多人。觉囊派在笃补巴时很是兴盛，但在他之后的一段时间没有什么表现，无著名僧人出现。

到公元16世纪后期至17世纪初期，该派出了一个著名人物多罗那它（1575～1634）。约在公元16世纪晚期，觉囊派改为活佛转世相承，据藏文史料记载，该派僧人衮噶卓乔死后的转世就是多罗那它。多罗那它原名衮噶宁波，卫藏交界处的喀热琼尊地方是他的家乡，相传他是嘉译师的后裔，幼年在觉囊寺学经，30岁受比丘戒。他著有一部《印度佛教史》（1608年成书），颇有影响。

觉囊派原受拉堆绛地方势力支持，到16世纪后期拉堆绛地方势力衰落后，该派又得到第悉藏巴的支持。第悉藏巴•彭错南杰在1612年以武力统治后藏，到1618年又以武力控制了前藏。他和其子弟悉藏巴·丹琼旺布都是支持觉囊派的。由于他们的支持，再加上多罗那它的声望，觉囊派在这期间又出现了一个比较兴旺的局面。

公元1614年，多罗那它在觉囊寺不远处创建了一座达丹彭错林寺（rtag brtan phun tshogs gling）。不久，外蒙古喀尔喀部统治者派人来西藏迎请高僧去外蒙传教（当时外蒙已有属萨迦派的寺院），第悉藏巴为了扩展自己的势力，请多罗那它去外蒙古传教。多罗那它去后，在库伦（今乌兰巴托）一带活动了20年时间，颇得喀尔喀部汗王的信奉和支持，尊称他为哲布尊丹巴，他在外蒙古建了许多寺院。1634年多罗那它去世。恰在1635年喀尔喀部土谢图汗的王妃生一子，一些蒙古汗王就把这个孩子认为多罗那它转世，成为哲布尊丹巴一世。1649年哲布尊丹巴一世进藏学经。当他学业完成准备返回外蒙时，敌视觉囊派的五世达赖已经掌握藏宗教大权，便勒令哲布尊丹巴一世改信黄教，否则不承认他的活佛身份和外蒙的宗教地位。

迫于五世达赖的权势，哲布尊丹巴一世只好从命。于是五世达赖给他加以“哲布尊丹巴呼图克图”的尊号，从此外蒙古地区普遍改信了黄教。与此同时，五世达赖还在西藏把觉囊派的经书和经版全部没收，加以封存，还把达丹彭错林寺改名为噶丹彭错林并成为格鲁派寺庙。在此情况下，觉囊派很难流传下去。因此，到公元17世纪后半期，该派已不复存在了。

觉囊派提倡佛教观点是“他空见”。这种见解和所有西藏佛教其他教派的见解都不同。它认为事物有它的真实体性，这种真实体性本身不能说它是性空；由于人的“虚妄分别”增加上去的东西，才能说是性空；因此，所谓性空，只能指由“虚妄分别”增加上去的东西是空的，而事物本真、自身不能说是空的事物；“本真”是事物之“自”，加在事物上的“虚妄分别”是“他”，因此说“性空”，只能是“他空”，不能是“自空”。这种见解和其他派别不同。其他派别遵循龙树的中论义，说一切事物并无常存不变的实体。它本身就是虚妄的，所以才说性空。性空是说事物自体本性是“空”，对他空义来说，这也叫做“自空”。他空义说事物有它的实体，特别是引申到一切众生皆有佛性，在众生位的佛性和佛的佛性，无二无别。这些说法是和西藏佛教其他各派，特别是和黄教（格鲁派）的观点相对立的，但是和印度教的湿婆派的说法很有共同点。因此其他派别的喇嘛们都驳斥“他空义”的见解，而认为觉囊派的见解不是佛教。