19世纪后半叶，是中国历史上的教案多发期，其根本原因在于这一时期的基督教并未遵循宗教传播的正常途径，而是在不平等条约的庇护下，以武力为后盾强行进入中国内地的。

这样一种侵略式的传教方式，自然引起国人的极大反感。在大量涌入中国的传教士中“贤否不齐”，有些人仰仗着本国船坚炮利的势力及享有的治外法权，行为逾分，对地方官员倨傲不恭；大量吸收的教徒中也良莠不齐，其中虽不乏虔诚的信徒，但也有不少人并无信仰，只图教会周济，被称为“吃教”的；更有一些杂众芜民为逃避诉讼而入教，而传教士往往利用其享受的治外法权来庇护教徒，动辄以“条约”要挟地方政府，一些地方官则慑于洋人的势力而袒教抑民。这样，就酿成了大量的民教冲突。

另一方面，一部分教案则是中西两种文化碰撞的结果。基督教的一些礼仪与中国传统社会习俗格格不入，如男女同堂礼拜，行洗礼，领圣体，施终傅等，在一般民众看来，不但有悖伦常，而且往往被衍义为采生折割、采阴补阳及挖目吸髓以制药饵等。这样，宗教问题与政治侵略及文化冲突紧紧交织在一起，使得19世纪后半叶成为中国基督教历史上教案发生最多的时期。

这一时期共发生大、小教案约400余起，其中较大的有几十起，如1870年的天津教案，1886年至1898年间的3次大足教案及1897年的山东巨野教案等。这些教案的结果都是腐败的清政府赔银割地、丧权辱国。如天津教案后，处死百姓20人，赔付法、英、美等国50余万两白银。其他的许多教案也是以杀死中国百姓及大量赔款结案。此外，有些教案是帝国主义国家为了实现其侵占中国领土的目的而蓄意制造的。如1897年的山东巨野教案即是如此。教案发生后，德国舰队便以此为借口强占了胶州湾，并强迫清政府签订了《胶澳租界条约》，“租借”胶州湾99年，并享有修建胶济铁路和开采沿线矿产等特权。

19世纪末，帝国主义列强瓜分中国的企图已日益明显。中国人民面临着信仰、民族和生存三大危机，终于爆发了义和团运动。义和团竖起“扶清灭洋”的大旗，从山东到直隶、山西，到处攻打教堂、杀死教士和教徒。1900年，义和团进入北京，攻打教堂和外国使馆。清朝西太后最初想利用义和团攻打洋人，以发泄平日受洋人挟制的恶气，待八国联军攻入北京之际，她又仓皇出逃，将义和团出卖。八国联军对义和团及无辜百姓包括教民进行了残酷野蛮的报复，烧杀奸淫，远较义和团为甚。有些传教士直接参预了八国联军洗劫北京的军事行动。1901年，清政府被迫签订了空前屈辱的《辛丑条约》。帝国主义列强利用这个条约进一步践踏了中国的主权。

义和团运动是民族矛盾空前激化所引发的政治性运动，而不是宗教运动。不过，在这场运动中的确也杀害了不少教士和教徒。据统计，天主教方面被杀的有主教5人，教士43人，中国教徒近3万人。新教方面被杀的有教士143人，儿童52人，其中1/3是内地会传教士及家属。新教徒约有2万人被杀。东正教也约有200教徒被杀。被杀害的人中固然有一部分是不法传教士和教徒，不过，相当一部分传教士、儿童和绝大多数中国教徒都是无辜的，他们不幸成了帝国主义在华侵略政策的替罪羊。被八国联军残杀的数十万中国百姓，则更是帝国主义侵略者的刀下冤魂。

义和团运动成为全国性反洋教斗争的高潮，对后世有至为深远的影响。为基督教文明而战的联军不仅进行一般的烧杀，而且野蛮地践踏中国人的做人尊严并侮辱中国文化的象征。据英国目击者朴笛南姆尔《庚子使馆被困记》中所记述，联军不仅抢劫、放火、奸淫，甚至祸及教民，且有欲强奸教会学校女生于宿舍者。

龚书森《宣教事业与清末政治》记载：“尚书崇绮奔走保定，他的眷属则尽为联军所据，驱逐到中国朝廷祭天的神圣地天坛，次第轮奸以为戏乐，少长老幼无得免者。”这种事迹，令中国有头脑的人产生一个疑问：基督教的根本教义便是爱上帝与爱人如己，甚且如上帝的纯爱博施于一切好人坏人那样，要爱仇敌如同爱自己；然而基督教文明所培育出来的、为保护基督教传教事业而战的军队，乃至不少有过“重生”经验的西方传教士，却是如此充满对同类的仇恨，那么基督教教化的好处究竟何在呢？

此种理想与现实的分歧，不易为中国人所理解，大概也有文化上的原因。中国文化重实践，重知行合一，重听其言而观其行，往往并非依靠哲学论证的有效性，而是靠履践来检验真理之真伪。总之，需要知道近百年来西方在中国强力传教以及护教军队在中国人心灵中所造成的极端痛苦与屈辱的残伤，方能理解何以20世纪20年代在中国知识界中发生如此广阔的反基督教运动，50年代在中国教会中发生如此深刻的反帝爱国运动，以及至今许多知识分子对西方基督教的本能警惕心理。