20世纪初叶，中国社会经历了剧烈的动荡。辛亥革命和五四运动在民众中输入了民主思想，复苏了民族自决意识。基督教作为一种与帝国主义在中国的侵略活动有千丝万缕联系的“洋教”，自然受到了极大的冲击。五四运动后知识界盛行的科学实证思想，对宗教更是一种挑战。知识界强烈呼吁在中国建立以民主和科学为本的新文化、新思想和新道德，摆脱宗教的束缚。1922年，世界基督教学生同盟准备在北京清华大学举行第十一届大会。北京大学一群学生首先发起反宗教运动，而后上海、保定、长沙等地的学生纷纷起来响应，成立了“非基督教学生同盟”等组织。在北京，李大钊等79名学者及知名人士联名发表宣言，成立“非宗教大同盟”。在宣言中提出：“我们深恶痛绝宗教之流毒于人类社会，十倍千倍于洪水猛兽。”在这些组织的号召下，全国形成了一个非宗教运动，其中最积极的参与者是青年学生。

在这背景下，基督教自立教会运动和本色教会运动应运而生。自立教会运动是指一些原属于外国差会系统的地方教会，尤其是华南、华东和京津地区的部分教会实行的完全去除对外国差会组织和经济上的依赖性，建立纯粹由中国基督徒和牧师组成的自立教会的运动。其中比较突出的自立教会有山东中华基督教自立会、广州兴华浸信自理会、广州长老会自立会、广州救世自立浸信会和上海中国耶稣教自立会等。俞国桢牧师是上海中国耶稣教自立会主要领导人之一，于1911年创办《圣报》月刊，“鼓吹自立，调和民教，激起爱家爱国爱人之思想”，以推动自立运动。1920年耶稣教自立会召开第一次全国大会时，自立教会已有80多处，到1924年，自立教会总会已有分会330多处。这一时期的自立教会处于自发分散状态，力量相当薄弱，相互之间存在一定差异。有些彻底断绝了与外国传教士的关系，实行完全的自治、自养和自传；有些则偏重自理和自养，主张尊重传教士，与之保持联系。

这一时期的本色教会运动则偏重从神学思想上去除西方文化色彩，力主基督教的教义、礼仪、表达方式要与中国的传统文化相结合。而且中国的本色教会运动深受20世纪初西方基督教普世教会合一运动的影响，一些中国教会本色运动的领导人如余日章、诚静怡、赵紫宸、刘廷芳也是普世教会合一运动的积极参与者。1922年5月在上海召开的“基督教全国大会”正式提出“本色教会”主张，认为中国教会的前途在于“合一、本色、成圣三端”。随后成立的“中华全国基督教协进会”便成为推进本色教会运动的主要工具。时任“中华全国基督教协进会”总干事的诚静怡曾经表示，“当今举国皆闻的‘本色教会’四字，也是协进会所提倡。一方面力求使中国信徒担负责任，一方面发扬东方固有的文明；使基督教消除洋教的丑号”。

在本色教会运动的推动下，基督教许多不同教派的教会纷纷在华组成联合会，统一名称，协调行动。长老会、公理会和伦敦会组成了“中华基督教会”；信义宗各教会成立了“中华信义会”；浸礼宗成立了“中华浸礼联会”；圣公会各教会统一成立了“中华圣公会”；属于卫斯理宗的监理会、美以美会、美普会合并为“中华卫理公会”。中国教会出版了《基督教进解》、《圣保罗传》等著名的神学著作。《生命》、《真理》、《青年进步》、《真光》和《文社月刊》等基督教刊物就教会的本色化开展了广泛的讨论。教会礼拜使用的赞美诗也被谱上了民族曲调。这些成就对后来基督教在中国的演进产生了一定的影响。