藏传佛教各派寺院大体上都是显密兼修，除有显宗扎仓外，还有密宗扎仓，但这些寺院都不能算是密宗专门修习机构，只有黄教有两个专门的密宗修习机构——上密院和下密院。

下密院藏语称作“居麦巴扎仓”亦称“桑钦居麦札巴”，即续部经堂神学下院之意。系黄教创始人宗喀巴的弟子杰尊·喜饶僧格创建于1433年。该院坐落于拉萨市内，总面积为10.6亩，主厅共4层，修屋70余间。

上密院藏语叫“居堆巴扎仓”亦称“桑钦居堆札巴”，意为续部经堂神学上院。由杰尊·喜饶僧格的弟子杰·贡噶顿珠创于1474年。因其地在拉萨上部，故取名上密院。上密院和下密院同是专门传习、修行格鲁派密宗的主要寺院。

1711年，蒙古和硕特部拉藏汗统治西藏，视上密院为黄教（格鲁派）密宗正宗寺院，并在达隆巴封文的基础上又颁发了把小昭寺和释迦牟尼像及其所属经堂、喇章等永远归属上密院的封文执照。

上、下密院设有不同级别的僧官，具体是堪布（也称洛本）1人，任期3年；喇嘛翁则1人，任期3年；强佑4人，任期4～5年；格贵（铁棒喇嘛）1人，任期1年。以上僧官均由译仓列空呈报达赖喇嘛或摄政任免。

上、下密院主要依宗喀巴的《密宗道次第广论》为根据，其修行的内容主要是集密、胜乐、大威德，以及一些次要的金刚和护法的密法，通过念诵、供养、作法、护摩等种种仪式活动，达到所谓的解脱成佛。上、下密院的修行者着重研习无上瑜伽密的“生起次第”和“圆满次第”。僧人修行生活艰苦，制度严格，类似苦行僧，藏人称他们为“举巴喇嘛”，在社会上享有很高声誉。