藏语「萨迦」意为「灰土」,因该派主寺坐落的山坡上有一片灰白色的岩石,故该寺叫「萨迦寺」,教派也叫「萨迦派」。这派僧人头戴红帽,也有人称他们为红教。又因萨迦派寺庙及该派百姓的庄房墙壁上都刷有红、白、蓝三色线条,所以人们又称其为「花教」。
萨迦派历史悠久,为西藏一古老贵族家族昆氏所创立,其法王为世袭。赤松德赞时期,大臣昆拔窝伽的第三子昆氏鲁益旺波松(龙王护)是西藏最早剃度为僧的七人之一。此人的第四子侍寿的儿子金刚宝,数传至释迦慧。释迦慧又有二子,次子就是贡却杰布(1034~1102)。贡却杰布从小智力过人,随其父学习宁玛派教法和经典。后来,拜卓弥译师释迦益希为师,广学“后弘期”所翻译的密教经典。又从桂·枯巴拉则译师、迦湿弥罗国(今克什米尔)杭都迦薄译师、玛宝胜译师、津巴译师等学习显密教法,而以卓弥所传“道果法”为主要教法,广招信徒。40岁时,贡却杰布在奔波山建立萨迦寺,以后就逐渐形成萨迦派。建寺后,住持弘法30年,于藏历水马年去世。
当时,其长子贡噶宁布(1092~1158)年幼,于是就请拔日译师仁钦扎住持萨迦寺,并拜仁钦扎为师,学法甚多。另外,又向当时许多著名法师和译师学习显密教法,还学习了“道果法”的密诀和修道法。贡噶宁布以后成为教主,住持萨迦寺48年,弟子甚众。“弟子中有得世第一法者3人,得忍者7人,得通达者80人,秉承讲说之心子11人,解释文句之心弟子7人”。另外,贡噶宁布亲生4子,第四子白钦威布(1150~1203)的长子贡噶坚赞(1182~1251)就是以后著名的萨迦班禅。
贡噶坚赞自幼从伯父扎巴坚赞学法,相传9岁就能为人讲法。他精通梵文,18岁学《俱舍论》,19岁从喀伽班禅听《金刚歌》等,又从宁敦金刚归学慈氏诸论。20岁时,从玛甲菩提精进和粗敦童狮子学习《因明论》,从则巴自在狮子学宗派论,从几倭勒巴菩提光学习寂灭、大圆满、能断等各种教授。23岁时,喀且班禅到西藏,又向班禅及其弟子僧祥、妙来祥、施戒等学声明量论(囚明)、大小五明,遂成为五明大师。27岁从喀且班禅受苾刍戒。贡噶坚赞著有《明藏沦》及《分别三律仪论》、尽破当时之“恶说及邪执”,又于基仲以正大理破南印外道西利为首之六敌,使皈依佛法。因此,“美声令誉,遍于大地”,并得到萨迦班禅(萨班)的称号。公元1246年,受蒙古阔端王之邀到凉州弘法,为西藏正式统一于祖国版图作出了贡献。享年七十。萨班的弟弟共有4了,其中最有名的一个就是八思巴(1235~1280)。
到了公元14世纪前半期时,萨迦派内部不和,分裂为细脱、拉康、仁钦岗、都却4个喇章(喇章意为僧院),各占一方,逐渐衰落。萨迦在政治上失势后,偏安一隅,成为萨迦地方的小土司,被称为萨迦贡玛或萨迦达钦。萨迦派在宗教上还有一定的影响,明朝时所封的大乘法王、赞善王、辅教王等都是萨迦教派的人,只不过在政治上是衰落下去了。
住持萨迦派的人很多。密教方而是俄巴贡噶桑布(1382~1456),该派学人称为俄尔派,以俄尔寺为中心,成为晚期萨迦派在后藏的重要密教传播场所;图敦·贡噶南杰(1432~1469),在山南贡噶以东建多吉丹寺,成为在前藏传播密法的重要场所,形成贡噶支派;擦尔钦·罗赛甲措(1496~1566)常住萨迦以西拉孜以南的图丹根培寺,门徒甚众,形成擦尔支派,传播以上两支派没有传播的密法。显教方面,最著名的有雅、绒二师。雅,即雅楚佛祥;绒,即绒敦说法狮子。他们著述甚多,通达五明,门徒甚众。
萨迦派的见解和修行法,诸名师的见解很不一致。如萨班、绒敦等很多人是中观自续派的见解;吉村仁达又是中规应成派见解;释嘎觉开始持中观见解,中间又变成唯识见解,后来又转成为觉囊派的他空见解;其余诸大师持大圆满见解。萨迦派的独特见解是“明空无执”或“生死涅槃无别”,即是“道果法”的见解。“道果法”是萨迦派最重要的密法。