在原始人的繁荣、庞大的神灵世界里，首先得到幻化并崇拜的应是与他们生活直接发生密切关系的环境，从而产生了萨满教的自然崇拜。

先民们信奉万物有灵，因此自然界中的一切都成为萨满教神坛上所祭祀的神灵。崇拜范围包括天地日月、山石湖海、风雨雷电、鹰熊蛇狼，囊括了自然界的一切生灵和天气变迁。原始人认为这些自然存在现象表现出生命、意志、情感、灵性和奇特能力，会对人的生存及命运产生各种影响，因此对之敬拜和求告，希望获其消灾降福和佑护。自然崇拜与人的社会存在有着密切关系，人类原始部落群体因其生活环境不同而具有不同的自然崇拜对象及活动形式，一般都崇拜对本部落及其生存地区的社会生产与生活影响最大或危害最大的自然物和自然力，并且具有近山者拜山、靠水者敬水等地域及气候特色，反映出人们祈求风调雨顺、人畜平安、丰产富足的实际需要。

譬如说我国东北地区的长白山是满族先民长期以来生息发展之地，自古以来就被视为圣山、宝山、冲山。满族先人认为，长白山不仅为他们提供生活必需品，如人参、貂皮和食物，而且又是他们的祖先神，尤其是萨满神都在此山上修炼成神，并保护满族吉祥、平安健康。所以，长白山受满族各个姓氏崇拜并祭祀为神山。

在所有的自然崇拜中，以动物崇拜与植物崇拜最为多样，最为发达。

在渔猎经济时期，人与动物的关系非常密切，大至虎豹黑熊，小至禽鸟鱼虫，都是氏族成员的生活之源，其肉可食，其皮可制衣。至今，赫哲族的鱼皮衣仍属民间手工艺一绝。

有些动物对人类为患为害的同时，又对人类的繁衍生息有着巨大的价值，这种既恐惧又希冀的情感便以集体无意识的形式沉淀在动物崇拜中。比如说对熊的崇拜，它天生神力，庞大凶残，喜欢向人进攻，很难猎获，一旦猎到，肉可食，皮可衣，对氏族集体则是一大功。于是人们对它产生了极为复杂的思想感情。鄂伦春族所奉行的“古落一仁”仪式充分证明，人们是那么膜拜熊，不仅歌颂熊还祈求熊。人们带着万分恐惧的心理求熊不要危害人。他们食熊前要讨好熊，要举行复杂、烦琐的丧礼，并希望子孙跟熊一样威猛。这不过是人们为了吃熊找出的一些冠冕堂皇的理由，食熊才是维系生命的最现实的手段。无论他们如何崇拜熊，绝对做不到弃而不食。鄂温克族有跟鄂伦春族相同的熊祭风俗，他们在猎熊食熊时，均须举行相应的仪式，并有复杂的禁忌。如熊死，须说“睡觉了”，杀熊的刀子叫做“刻尔根基”（意为钝刀）。认为熊的大脑、眼珠、心、肺、肝和食道，都是真灵魂寄居之所，禁忌食用。葬熊时，人须佯装哭泣，致哀祷告等等。所以我们得出一个结论，无论动物在崇拜体系中多么尊崇，但是人类的生存总是第一位的。

植物崇拜一般比动物神话产生得晚，数量也相对较少，因为植物大部分对人有用，威胁不像凶禽猛兽那么大。萨满教对大树的崇拜便很普遍。例如锡伯族把年代久远的大树看做神树，尤其对孤独生长的大树更视为保护神。有一则传说：因闹蝗虫，天地昏暗，庄稼被毁，突然，耸立的大树树叶变成了无数的“坎肩儿鸟”，把蝗虫消灭得精光后，仍回到树上变成叶子。锡伯族人从此每逢五月初五，即祭神树，“坎肩儿鸟”则为神鸟。树叶和鸟互变，保护了人的生命之本——粮食。祖先们都不约而同地把巨树当做神树，认为谁要伤害了神树，就会受到惩罚。密林高耸，本身即很神秘，能诱发人们种种遐想。人们有时认为树能通天，有时认为树能变形，有时认为树所覆盖的范围便是一个神奇的世界。所以，他们对大树不是一般的植物崇拜，有的也包含了图腾的性质。柯尔克孜族便相信孤树是圣物，从来不砍伐，连掉在地上的树枝都不能随意践踏。