格鲁派创立后，先后在拉萨兴建了甘丹、哲蚌、色拉三寺，这三座寺被称为拉萨三大寺。拉萨三大寺充分体现了藏传佛寺的特点：远望楼阁重叠成群，而寺内除殿堂、僧舍、佛塔外，还有住宅和街巷，俨如城镇。

公元14世纪末，宗喀巴（1357～1419）创立藏传佛教格鲁派。公元1409年（明永乐七年），宗喀巴在拉萨大昭寺发起大祈愿法会，被公认为西藏佛教界领袖，格鲁派成为西藏佛教第一大教派。因该派僧人戴黄色僧帽，俗称黄教。黄教创立后先后兴建的甘丹、哲蚌、色拉三寺，被称为拉萨三大寺。

甘丹寺是公元1409年（明永乐七年）由宗喀巴创建的黄教第一座寺院，过去规定僧人定额为3300人，寺内有两座扎仓（经学院）和宗喀巴灵塔。哲蚌寺为永乐十四年（1416）由宗喀巴弟子绛央却杰主持兴建，最盛期寺僧定额为7700人，是黄教最大寺院。该寺是历代达赖喇嘛的母寺，在黄教寺院中地位最高。全寺院落层层密布，内部组织极严密，最高一级是错钦，由各级堪布（住持）组成，为寺院的最高管理委员会。

中间一级是扎仓，相当于分院，各有大殿、经堂和僧众。最下一级是康村，是按僧人乡籍组成的扎仓的基层组织。色拉寺是公元1418年（明永乐十六年）由宗喀巴弟子绛钦却杰主持兴建，僧人定额为5500人，为黄教第二大寺。宣德九年（1434），色拉寺落成后，绛钦却杰应召赴北京，受到明朝廷隆重接待，封为大慈法王，钦赐金泥书写《大般若经》、白松香木十六尊者像等贵重礼物。该寺在汉藏关系史上占有重要地位，曾最早与明朝建立关系，最早传播黄教于内地。现存佛经、壁画、塑像、唐卡等，多为珍贵文物。东殿曾为达赖喇嘛驻锡地和西藏地方嘎厦政府议事处。