柯尔克孜族大多信仰伊斯兰教,属于什叶派的入世派。
散居地区也有信奉其它教派的。住在北疆额敏县的少数柯族信奉喇嘛教。住在黑龙江省富裕县的柯族信奉萨满教。
柯尔克孜族早期历史上曾信奉过自然崇拜和萨满教。从十世纪起,部分人逐渐接受伊斯兰教,到十八世纪初,伊斯兰教才为柯尔克孜人所普遍信仰。
在执行教规、教义和各种宗教礼仪方式等方面,柯族与其他信仰伊斯兰教民族基本相同。但由于他们以游牧为生,故不如维吾尔族那样有许多礼拜寺,宗教仪式也远不如定居农业居民那样严格。另外,古代萨满教信仰的残余至今还有保留。