1）原始宗教和巫师
原始宗教是独龙族的主要宗教信仰，具体表现为鬼神崇拜。
过去独龙族认为，人一生中的福与祸都是由鬼神安排的，人死是被鬼神吃掉了灵魂，而天、地、山、河流、大树、巨石等等，也都有一种超自然的鬼神力量在起作用，因而它们也都成为人们崇拜的对象。年节时要剽牛祭天，刀耕火种时要祭地神，狩猎时要祭山神，人生疾病、死亡时要祭祀、驱鬼。
这类宗教活动，除一些重大的祭祀活动，如祭天等，由家族长主持外，一般的祭祀、驱鬼均由巫师充任。巫师有两种，称“纳木萨”和“夺木萨”。前者地位高于后者，主要从事祭和占卜，后者只从事驱鬼。他们均系男性，既非父子相传，也不是师徒传授，而是自然形成的，但都不脱离生产劳动。
2）基督教
本世纪三十年代初，美国传教士将基督教（新教）传人独龙族地区，不久又建立了教堂，当地有少部分独龙族改信基督教，有的还当上了“马扒”（传教士）。解放后，教徒走上了正常宗教活动的道路。