关于密宗义理，西藏佛教各派密法各有侧重，宁玛派以大圆满法为主；噶当派以阿底峡的《灯论》为宗旨，讲「三士道」修法，倡显密圆融；萨迦派以「道果法」为主；噶举派以大手印为主；格鲁派的密法和噶当派大体相同。
另外，各派密法修习者修哪一部密法、本尊，又有自己的抉择，种类繁多。但各派密法大体均属于印度密教金刚乘和时轮教的范围之内。各派密宗教义也以《大毗卢遮那成佛神变加持经》即《大日经》、《金刚顶经》和《时轮金附根本经》为主要依据。
密宗自称受法身佛大日如来深秘密教旨传授，为真实言教。其实，密宗教义的产生、形成均有其社会历史根源。
密宗义理主要者可概括为“三密为用”、“四曼为相”、“五佛五智”、“六大为体”及“因、根、究竟”等。