建筑精巧的六祖庙就坐落在梅关南面沿驿道约200米处的东侧，而西侧则是卓锡泉，这里还流传着一段佛家故事。

六祖指的是佛家禅宗六祖慧能——广东“南华寺”的开山祖师，禅宗的始祖菩提达摩在中国的第六代传人。相传在唐朝武则天时期，禅宗五祖弘忍在湖北黄梅的东山寺弘法，拥有徒弟七千人之多，年老圆寂前他想在众多僧侣中选出一法嗣。于是宣布要每个从僧都作一偈，并许下承诺：谁的偈能够参透佛理要义，就把衣钵袈裟传给谁，继为六祖。大弟子神秀平时得五祖器重，是众僧中的上座和尚，自以为六祖非他莫属，他在半夜三更时分，独自掌灯，在佛堂的南廊题作了一偈：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，莫使有尘埃。”一般和尚都认为他的偈非常好，点破了修炼的方法，然而这时冒出来个不太识时务的和尚慧能，也要求做一偈，得到许可后，针对神秀的偈，他写道：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。”五祖弘忍看后，没有说话，认为慧能悟到了佛性，但考虑到慧能出身低微，在寺里只是个在碓房舂米的和尚，神秀可能不服，日后恐怕会加害于他，于是就叫他退下，但已决定把衣钵袈裟传于他。第二天弘忍把慧能叫去为他讲经。五祖圆寂前，便秘密将世代相传的衣钵袈裟传给了慧能，正式传他为禅宗六祖。为其安全着想，弘忍亲自送他到江州的渡口，嘱咐慧能马上离开黄梅，南回广东避难，吩咐他不到必要的时机，不要把自己是禅宗六祖的身份讲出来，免得有禅宗的僧人来争夺位置。

果然不出所料。神秀发现衣钵袈裟已被慧能拿走了，便立即召来武僧慧明，要他率领五百僧人，追踪慧能，夺回传世之宝。而慧能在离开师父之后，日夜兼程逃到大余，投宿东山寺住了一夜，第二天到了梅岭，正赶上暑热天气，等上到山顶的时候已经是筋疲力尽了，想要找点水喝，可是高山之上哪里会有水呢？慧能没有泄气，将锡杖往地上一顿，大声呼喊道：“天不绝吾也！”说也奇怪，他这锡杖一顿，地缝中竟然冒出了一股清泉，慧能喝后感到甘洌清甜、清凉爽口。这便是卓锡泉，又称锡杖泉。正要起程赶路时，慧明已经追上山来，他自知不是慧明的对手，便把袈裟衣钵等物放在一块大石上让慧明拿回去。然而慧明用尽全身力气也拿不动这些物品。这时他自身也有所感悟，感到无力取走这些法物，又见慧能勤劳诚实，便对他说：“你赶快走吧，后面还有追兵。”说完后自己便往回走，并对后面追赶的僧侣说慧能已经不知去向，不必再追赶了。慧能这才从梅关脱险。而这块大石头就是有名的“放钵石”。为了躲藏“烦恼未断者”的加害，他在广东四会一带整整藏匿了15年，直到唐高宗仪凤元年（676年）才真正以六祖的身份公开露面。传说，慧明放走了慧能之后，也没有再回黄梅，而是找了一处山寺修炼。为了纪念六祖在梅岭的这段险遇，后人便在此地兴建六祖庙。