门巴族人的宗教信仰是以信奉喇嘛教为主，同时又保留着自己本族的原始宗教。
门巴族地区相信喇嘛教的宁玛派（红教）系宗教，所建的庙宇，也多属宁玛派系。
寺中的喇嘛分为五种：
第一是“活佛”（即大喇嘛），主持寺中一切事务，是寺庙的最高领导者，通晓经书，宗教知识渊博。
第二是“怕久”，地位仅次于“活佛”，通经书，宗教知识亦较丰富，能为人治丧，如选葬日，确定出殡方位和葬地，给死者念经超度。
第三是“涅巴”，寺庙管家。
第四是“果聂”，专门看管寺庙，打扫经堂，擦洗法器、供佛等等。第五是“扎巴”，地位低下的普通喇嘛，新入寺者必须先当扎巴。
宁玛派的喇嘛可以娶妻生子，因此，门巴族的喇嘛除了活佛外，大多数是在自己家中，只有念经集会时才进寺庙去。
除此之外，门巴人还同时信仰请神驱鬼的原始宗教，在他们的观念中，神和鬼已经区别开来了。
他们认为，神是白色的，它能保护人们的利益。鬼则是黑色的，长毛长发，令人可怕并且专门害人，给人以灾难。