回族伊斯兰教属于该教的逊尼派，在教法学上属哈乃非派。
但自明清以来其内部发生分化，又逐渐形成阁底目（意为“古老”）、依合瓦尼（新教）、虎非耶（意为“低声”）、尕得林耶（意为“万能者”）、哲合林耶（意为“高声”）及库不林耶（意为“至大者”）等教派。
前两派在教权组织方面，实行以清真寺为中心的互不隶属的单一教坊制。一寺为一坊，寺院阿訇由该坊的教众民主选聘，并另设“学东”、“乡老”等专职人员，负责征集学粮、学课，收集寺费，管理寺产。后四派实行“门宦”制，即在教派下面分为若干个“门宦”。
所谓“门宦”指设有宗教首领，其地位世袭，门宦中的各清真寺阿匐由首领委派，首领在该派中享有较高地位和声望。
但是，这些教派从基本信仰方面来说，大体都是相同的，只是在宗教功修上略有不同的礼仪和各自的特点。