土著是相对于外来殖民者来说的，是指其他人从别的地方来到前就住在本地的人。简单地说，就是指一个地方的原始居民。日本最早的土著是虾夷人，亦称阿伊努人，是在日本的北海道、库页岛和千岛群岛居住的民族。他们的体格不像是邻近的类蒙古人，有可能是分布在亚洲北部地区的早期类高加索人的后裔。早期虾夷人用的是虾夷语和多种方言，现在多数都被日语取代。

虾夷人在日本的4个大岛上都曾居住过，后来因为长期受到后来者的压迫才被迫往北迁移。现在纯种的虾夷人因民族间的通婚和文化上的同化已濒临灭绝。本族的语言和宗教也濒于消失。虾夷人具有明显的高加索人种的特征：身材矮小，皮肤浅黑，体毛旺盛，男子有着浓厚的络腮胡须，妇女沿唇边也有髭状痕迹，但现在多数虾夷人的体格更像是日本人。

当今的日本人主要由四部分组成：

（1）阿伊努人，日本原住民，是因纽特人的一个分支，早年居住于北海道。

（2）东通古斯人，是从朝鲜半岛迁移而来的，和朝鲜族、满族是近亲，也是现在日本的主流人口。

（3）汉人，是从中国大陆迁移过去的，是日本人群的第二大来源。

（4）南岛语系人，来自冲绳以南的岛屿，是马来人的近亲。

在日本父岛上还居住着一批西方土著，他们的祖先在1830年与欧洲和美洲的一批探险者一起来到当时被称为博宁群岛的无人区，后来他们就定居在博宁群岛上。父岛上的西方人有着白色的皮肤和金色的头发，所以他们更像是外来者而不是日本土著。自1968年美国将父岛归还日本后就成了小笠原群岛的一部分，父岛上的原始居民人口也渐渐被日本本土迁移过来的日本人所赶超。现在父岛上的西方土著人口不到200人。