《贤愚经》共搜集了69个故事，内容比较复杂，既有佛本生故事，又有佛经传故事。还有各种各样的因缘故事，即讲述佛弟子及信徒们前生情况的故事。

如《长者无耳目舌品》叙述一个官员贪赃枉法，终于受到报应的故事。《锯陀身施品》则叙述金毛兽锯陀为了拯救别人，甘愿献出自己的生命。《善求恶求缘品》讲述了善求、恶求两兄弟入海求宝的故事，歌颂了善求善良、勇敢、舍己为人及他与公主的纯洁爱情，鞭笞了恶求见利忘义、残害兄弟的野蛮行径。《檀腻 品》讲述了一个聪明的国王如何排纷解难、断案如神的故事。其中有一个案情是这样的：两个妇女带着一个孩子来见国王，都说孩子是自己的，请国王断案。国王说：“你们两人各有各的理，谁知道孩子是谁的？这样吧，你们一人拉着孩子的一只手，谁把孩子拉到自己一边，孩子就归谁。”那个假母亲一心想把孩子占为己有，抓住孩子的胳膊狠命地拉。真母亲唯恐孩子被拉伤，不敢使劲。国王一看，马上下令两人住手，当场判定了真伪是非。这个故事与基督教《圣经》所讲的所罗门断案及中国元杂剧《灰栏记》所讲的包龙图断案故事完全相同，显然是同一源流。是中西文化比较研究的重要资料。

另外，如《降六师品》叙述了释迦牟尼与六师外道斗法的故事，歌颂了释迦牟尼法力无边。尤其值得注意的是《须达起精舍品》，叙述了释迦牟尼的弟子舍利弗与六师外道的弟子劳度差斗法的故事，它显然是敦煌《破魔变文》、《降魔变文》及敦煌壁画《劳度差斗神变》的祖本。《贤愚经》与敦煌变文、敦煌壁画的这种密切关系，说明该经在凉州定稿后，在河西地区一直流传不衰，保持着持久的影响力，因此，它又是我们研究河西及敦煌佛教的重要参考资料。

《贤愚经》全书六十九品，在众多故事中，本生故事就有二十六品。全经大小故事七八十个，本生故事占据了非常大的比重。本生故事通过讲述释迦牟尼佛在某一世行善的故事，向世人宣示了佛教的思想主张，也向世人指明了修行养性成就善业的道路。释迦牟尼佛的这些思想主张以及他在为实现这些主张的过程中所体现出来的精神，依然是今天的人们不可或缺的重要精神源泉。

佛教到底讲不讲孝道？这是佛教传人中国后经常引起争论的重要问题之一。印度佛教根本没有“孝”这一词汇，而采用“报恩”这一说法。佛教认为，释迦牟尼在无始以来的轮回转世中，曾无数次地当过各个众生的父母，也曾无数次地当过各个众生的子女。因此，释迦牟尼并不以某个特定的众生为对象而报恩。他要普度众生，这也就是最大的报恩。也就是说，佛教是联系轮回转世来看待亲子关系的，这就使它的“报恩观”与中国的“孝道观”出现很大差异。

《贤愚经·儿误杀父品》就清楚地说明这一点。佛教的这种亲子观传到中国后产生相当大的影响，表现在唐宋以后的文学作品及民间习俗中。如江浙一带至今常有些烦恼的父母埋怨子女说：“不知前世欠了你们什么债？”甚至骂子女为“讨债鬼”。

《贤愚经》是研究佛教思想在中国普及的重要资料。