近代以来，中国有四大学术新发现：一是甲骨文，一是汉简，一是故宫内库明清档案，在一就是敦煌遗书。这四大发现对学术研究的促进之大，是怎么估计也不会过分的。
以往在敦煌学界占统治地位的观点认为，约在公元11世纪，由于西夏或其他外部势力的威胁，敦煌僧众为防止这批文物受到战乱的破坏，故而把它们坚壁收藏起来。这种观点一般被称为“避难说”。但近来这种观点越来越受到人们的怀疑。新的观点认为，这是一批因长期使用而废损的写卷，因已无用，故被弃存在第十七窟中。这种观点被称为“废弃说”。因避难而珍藏的观点值得斟酌。
如果是因战乱而珍藏，则一般来说被珍藏者应是被视为较宝贵的东西。审视敦煌遗书，绝大部分是断篇残卷，有的是抄错的废稿，有的是练字的废纸，有的纯属胡涂乱抹的瞎写。佛经虽多，却不足以凑成一部完整的大藏。从其他方面的材料可以知道，敦煌当时不但有完整的大藏，还有金银字写的藏经，锦帙包裹的金头《大般若经》等等。然而它们却又不在藏经洞中。因此，“避难说”不能说服人。必须另外探索原因。
我们知道，佛经对于佛教徒来说是十分神圣的，因为它是佛法的代表。许多经典上都有这样的话：凡是抄写、诵读、流通佛经的人可以得到福报；而亵渎佛经的人将会得到惩罚。然而，一部佛经，流通的时间长了，难免会损坏。如果一部经损坏了，怎么办呢？当然不能随便扔掉。中国佛教徒有一种传统的处理方法，那就是把它们放在佛塔、佛像中；或埋在地里，上修一座小塔，以示供养。至今我们常能在古旧的佛像、佛塔中发现古代佛经，原因正在这里；发现的这些佛经大多部帙不全，残缺破旧，原因也正在这里。
那么，敦煌为什么会保存下来这么多陈年废纸呢？这又与纸张在当时比较珍贵有关。东汉之后，纸虽然逐渐成为主要的书写材料，但毕竟还是比较珍贵的。因此，每一张纸在当时都要被充分利用。敦煌遗书中有不少卷子都是正反两面书写，道理正在这里；同时，敦煌佛教寺庙保存这么多非佛教的文书，原因也正在这里。我们考察一下这些非佛教文书，可以发现绝大多数文书的背面都写有佛教内容。这说明佛教寺院之所以保存它们，是为了利用这些纸张另抄东西。
从敦煌保留的大量佛经目录我们可以看到，敦煌寺院经常举行清点藏经的活动。由此，我们可以得出这么一个结论，藏经洞的这些遗书不是当时的敦煌僧人们珍藏的；恰恰相反，在一次大规模的清点寺院佛经后，僧人们认为这批东西没多大用处了。故而找了一个石窟，把它们封存起来，废弃了。
应该指出，我们主张敦煌遗书最初不过是僧人们的废弃物，这并不意味着否定它的价值。古人的价值观与我们是不同的。举例来说，遗书中的疑伪经对虔诚的佛教僧人来说，不但无益，而且有害。但对我们来说，却是可遇而不可求的稀世珍宝。这里我们应当提一下汉简，被历史学家奉为至宝的汉简，说到底，也不过是被守卫西陲烽火台的官兵扔在垃圾堆中的废物罢了。