部派佛教时期，印度各小乘部派几乎都有自己的三藏。各部派三藏的内容既有相通之处，也有相异的地方。组织形式也不尽相同。
如上座部用五分法组织三藏。经的五分即五部阿含——长阿含、中阿含、增一阿含、相应部阿含、与小部阿含（又称“杂藏”）。律的五分是：
1.比丘戒本的解说；
2.比丘尼戒本的解说；
3.犍度（关于受戒、安居等诸事）；
4.本母（关于戒律的通论）；
5.增一毗尼（对戒律的补充解释）。
论的五分则为：
1.问（对佛教从多种门类去加以分析）；
2.非问（即不加分析）；
3.摄（不同诸法之性质可相互包容的，归为一类）；
4.相应（诸法中虽有相互联系，但不能归为一类的）；
5.发趣（不仅相摄、相应，而且相望为因果的）。
而说一切有部的三藏，其经藏由四部阿含组成。其中尤重相应部阿含（相当于汉译《杂阿含经》），把它置为经藏之首，结构是四分十诵。律藏也是十诵，故称《十诵律》。论藏共有二十一部，构成一部法蕴。不同的藏经组织形态反映了各部派理论的差异。大乘出现，又编纂出自己的三藏。
总之，与古印度诸国分立的政治局面相适应，印度佛教亦从不统一。印度人倾向于认为，无数相互对立的集团与派别，各种异质东西的同时并存是一种正常的现象。
他们说：一个金手杖虽然断为十八截，但每截都是真金的，由此论证了当时分裂的诸多部派都属于佛教正统，都是合理的存在。出于这种思想方式，他们无意于从事统一佛藏的工作。因此，印度也就不存在标准的、规范化的佛藏。各个小乘派别各自传承自己的典籍，呈现出百花齐放之势。
如有的小乘部派主张传承经、律、论、杂四藏；有的小乘部派主张传承经、律、论、咒四藏；大众部传承经、律、论、咒、杂五藏；法藏部则传承经、律、论、咒、菩萨五藏，这显然是受大乘影响所致。但同样深受大乘影响的《成实论》却主张传承经、律、论、杂、菩萨五藏。
除了藏的区分不定之外，各藏亦未形成标准的目录与固定的规范。所以来中国传教的外国僧人以及西行求法的中国僧人往往均依各自所得而传译不同的经典。