房山石经由隋僧静琬发起雕凿。静琬雕凿石经是缘于中国佛教史上两次“灭佛法难”。鉴于历史教训，静琬秉承其师慧思的遗志，发愿刻经于石，藏文石室，以备经卷一朝毁灭时充作经本。

静琬刻经从隋朝大业年间开始，至唐贞观十三年（639）圆寂，刻经达三十余年，共刻成《华严经》等一十二部。静琬在刻经的同时，还于山下构筑了云居寺，成为房山刻经的重要基地。

静琬圆寂后，其弟子玄导、仪公、惠暹、玄法等又相继主持刻经事业。到明末董其昌始告结束。这一历时千载的刻经事业得到历代朝野的赞助，其中以唐玄宗开元、天宝时期最盛，五代时期一度衰微，至辽金时期又继续发展，到元明时期接近尾声。共刻佛经1122部、3572卷，刻石14278块，珍藏在石经山九个洞窟和山下云居寺内南塔地宫之中。

房山石经分为大碑和小版两类，大碑共4196块，每块长2米，宽1米余，此类碑石多刻于隋、唐两代，存放于石经山藏经洞内；小版共10082块，每块长宽各70厘米，此类碑石多刻于辽、金两代，存放于云居寺南塔下的地穴中。

新中国成立后，为纪念释迦牟尼佛涅槃两千五百周年，1956年中国佛教协会发起以发掘整理房山石经为纪念大会献礼。曾先后开启藏经洞、发掘地穴和南塔基，对历朝刻经逐一编号登记，并进行拓印。全部工作到1958年年底全部结束。这次整理工作取得了巨大的成果，获得了房山石经千年刻经的准确数据和全套资料，为研究房山云居寺刻经和北京历史文化具有重要的学术价值。赵朴初先生称房山石经为“北京的敦煌”。

房山石经的发掘工作结束后，一大批佛教界、文物界、史学界的专家学者，如周绍良、黄炳章、林元白、徐自强、吴梦麟、任杰、罗、法映等专家学者参与了房山石经的研究工作。专家学者们一致认为，房山石经具有重要的文献价值和文物价值。首先，房山石经是以历代佛经善本为依据刊刻，不啻一座巨大的善本佛典宝库，特别其中保存有五十余卷中国现已佚失的佛教典籍，不仅在佛教思想和历史研究方面弥足珍贵，而且对于存世佛经的校勘有着重要价值。其次，附在房山石经许多经文后总计达6800余条题记，是研究中国北方地区中世纪政治、经济结构、社会风俗，以及官职、手工业、工商业发展状况的珍贵资料。此外，房山石经雕刻字迹端庄秀丽，技法纯熟流畅，荟萃十一代书法家之大成，对于书法艺术、雕刻艺术和文字演变的研究也具有重要的价值。

1980年中国佛教图书馆成立后，专门设立“房山石经研究小组”，加速了房山石经研究和编辑出版的进度。20世纪50年代至今，房山石经研究取得了重大成果，先后出版了三部重要著作：《房山石经题记汇编》，五十余万字，北京图书馆金石组和中国佛教图文馆石经组编辑出版，1987年8月书目文献出版社出版；影印本《房山石经》（辽金部分），中国佛教协会编印，共二十二册。《房山石经之研究》，1987年9月中国佛教协会出版。近年又以房山石经作为底本校勘，出版了《中华大藏经》。1999年9月9日房山石经全部回藏地宫保存。