在宗教方面，印加人主要崇拜太阳，自称为太阳的后代。月亮、土地及其他星宿也被崇拜，但地位较低。仍保持图腾崇拜和祖先崇拜的残余，各氏族公社以动物命名，视祖先为公社保护神。印加人已确立国家信仰及祭司教阶制度，祭司阶层享有特殊地位。全国的宗教中心是库斯科城中的太阳神庙（金宫）。每逢农事周期的各个节日，都要举行祭典，祭典上的牺牲主要是动物，但当印加王出征或发生巨大自然灾害时，则以活人为牺牲。
印加人最崇拜的神是太阳神。他们还崇拜图腾，崇拜祖先，崇拜自然。印加人农村公社的图腾，常常表现为一些动物，他们将这些作为图腾的动物，加以训养和娱乐。他们还崇拜玉米神、马铃薯神，并把它们制成偶像。在他们的日常生活的器皿上，经常绘画着一些人身动物的图腾。民间的舞蹈中，也常常装扮有这种形象，如猿、大鹰、美洲豹和南美兀鹫等。
印加人中，最普遍的崇拜，是对祖先崇拜。最古老的“瓦卡”崇拜，便是与祖先崇拜有着密切的关系。当氏族公社逐渐地变成地域公社时，“瓦卡”神便已经成为一种公社的土地和某一片地域的保护神。“瓦卡”，本意是“我出生于他”的意思，“他”，便是祖先。后来，“瓦卡”的内容越来越广泛，许多对自然崇拜的内容，也都汇进“瓦卡”的崇拜中来。他们把一些岩洞、岩石或一些处所进行神化，把它们与关于自己祖先的传说或自己的来源相联系，也成为一种“瓦卡”崇拜。除此之外，他们崇拜的，还有湖泊、河流、泉水、英雄首领的墓地等。传说仅库斯科和它附近的地方，就有334处瓦卡。当人们经过这些地方时，都要把一块石头，放到多年的石头堆上；或是吟唱哀歌进行祈祷，以求神保佑一路顺风。
印加人对祖先的崇拜，还表现为对木乃伊的崇拜。一些人死后，被后人制成了木乃伊，穿着盛装，戴着各种首饰，栩栩如生。他们把木乃伊连同他的食物、工具和日用品，一起埋葬。
印加王死后，尸体制成精致的木乃伊后，被供奉到神庙中受人礼拜。盛大的节日里，祭司们还抬着他四处游行。如果对外发生了战事，人们便带着木乃伊出征，并抬到战场上，以求保佑。
印加人崇拜星辰，崇拜海洋和地球，崇拜土地娘娘（即大地母亲）“帕查玛玛”。土地娘娘主宰着牲畜、经济和收成的繁殖和繁荣。奇楚亚语中的“帕查”，就是土地的意思。农作物是农人的命根子，他们认为，土地和作物也都是神，所以便把玉米、马铃薯等，制成女神的形象进行供奉，节日里，常抬着它们沿街进行游行。
太阳神是印加部落的保护神，被称为“印蒂”、“维拉科查”等。印加帝国形成后，太阳神渐渐便成为全国最高的主神。印加人认为，太阳缔造了万物，他们都是太阳神的子孙。月亮是太阳的妻子，星辰是他们的孩子。印加，便是太阳之子的意思。后来，印加人把对太阳神的崇拜和对王权的崇拜，合二为一。印加帝国，有着专司对太阳神崇拜的祭司集团。
到14世纪印加王帕查库蒂执政时，又兴起了对帕查马克（原为卢林河谷的部落神）神的崇拜，把他的地位抬到了高于太阳神之上。他们认为，帕查马克是创造一切神的无形之神，太阳神也是他的创造，并且他让太阳每天早早升起，晚晚地落下。这样，印加人就又形成了对太阳神和新神帕查马克的双重崇拜。
印加人对太阳神的崇拜，也是对祖先的崇拜，同时也是对神秘大自然的崇拜。由于对太阳神的崇拜，对日食也开始进行大规模的祭祀，供奉金银偶像等，还要宰杀众多的羊和童男童女。巫师说，日食是太阳因为这世界要遭受重大损失而举行哀悼，它预示着某位国王的死亡。因此，印加王在这时候，要到一个秘密的地方进行斋戒隐居，不再处理任何事物，全城也不能有任何火光，怕触怒了太阳神。妇女们也要穿上丧服，不断地贡献祭品，他们要为太阳神斋戒好些日子。
印加人建造了太阳神庙──金宫，并修建了敬献给太阳神的“黄金花园”。有四个日子，是和节气有关的庆祝太阳神的节日：“拉伊米”──王室祭神日（春分时举行）；“拉伊米·因蒂节”（夏至时举行），在这一天全国都要供奉太阳神。人们要早早起来，遥望着东方盼望着日出。太阳从天边升起后，人们群情欢呼。这天印加王要亲自主持庆祝仪式，并用骆马肉和玉米酒来举行盛宴，宫廷大臣、祭司和全体居民都要参加，非常地隆重；“西图西节”（秋分时举行）这天人们要在半夜里便起床点火，然后洗澡沐浴，以示赎罪；“阿莫拉伊节”（冬至日举行）是向太阳神献祭的节。献祭要在拂晓举行，印加王穿着太阳使者的服装，右手持着金长矛（印加军队统帅的标志），跑步到中心广场，有四位王子在那里挥舞着长矛迎候他。国王发布赛跑的命令，四个王子便持矛分别跑向通向四个行政区的道路。在跑过一公里多路的地方，早有人在那里等候，他们接过王子的长矛，继续朝前方奔跑。就这样，以相同的方式，进行着接力赛跑，一直到跑完30多公里的路程。最后跑完的人，将长矛插入地中，便象征着已经驱除了邪恶。
印加人每一个省区、部落集团，都有各自的信仰崇拜，从地方神庙、国家主神神庙（首都库斯科）到太阳神庙，都有各自的祭司，祭司组织已经成为一个庞大的可与王权抗衡的祭司集团势力。因此，在14世纪，便发生了对宗教的改革。