随着农业的发展，一批工匠出现了。他们从农业中分离出来，专门制作陶器、金属的装饰物和各种的生产工具，成为手工业者。他们往往被集中到库斯科，住在专门的街区，由宫廷供给食物，为国王和贵族进行工作，每月按着规定完成任务，超出的部分归个人支配。他们已经不再是公社的社员，成了依附于宫廷的专职工匠。另外，印加人中还出现了采矿业，主要是开采锡、铅、铜等矿石，这些专职的采矿工人，大都是奴隶“雅纳科纳”。

印加人还长于金属冶炼和进行青铜、黄金的合金加工，已能开采金、银、铜、锡等金属，生产工具和武器以青铜制造。金、银、铜等制作的首饰和日用器皿也很精巧。他们主要是受到了被征服的部落──契穆部落加工工艺的影响。他们用锻造、冲压、镶嵌来制造斧、镰、针、半圆形的刀和金银器皿；还用蜡模浇铸来制造铜和青铜等制品。这种制作，要先用泥沙做成模型，再在上面涂上一层蜡，然后重新对蜡模进行一番细致的加工，再涂上一层新泥沙。模型上留一个孔，将金属融化后浇入孔内，里面的蜡层便迅速地融化，从下边的孔中流出来，原来的蜡层便换成了金属。待到冷却以后，再将泥沙的模型打碎，所需要的物件便制成了。

主要手工业部门除金属加工外，印加人还有制陶、纺织等行业。他们的纺织品主要为棉毛织物，其中有时夹有金线或鲜艳的羽毛，图案丰富多彩。印加人的纺织艺术，其工艺、花色、品种，都已经达到了很高的水平。1000年前，欧洲的一件地毡，每英寸只含花线100根，而印加人的地毡，每英寸便已经达到含纱线5000多根。秘鲁南部波斯科出土的木乃伊套服，被誉为“世界纺织品奇迹之一”。

印加人在原始的竖式织布工具的基础上，研制出了弓模式织布工具。这种工具有上、下两根平衡档，上边的横档固定在树杆上，下面的一根要用长带系到腰带上。织布时要跪着进行纺织，织成单层布或双层、多层布。纺织的布，有棉织品和毛织品两种，可染出190多种色调的纱线。被征服部落的印加姑娘，要到33岁才能出嫁，她们都要先学习4年的纺纱织布，再为官兵工作若干年。印加人以瓦罐和钵头的制陶术，也已经很有名气了。瓦罐方便实用，外观别致精美。如在其脖颈处，雕刻着人的嘴、鼻子和眼睛，或在瓦罐的中间雕刻上小动物的头，看上去惟妙惟肖。他们的陶器造型优美，纹饰绚丽。但当时的印加社会尚未出现自由手工业阶层，优秀工匠多专为宫廷服务。村社间多实行产品交换，故贸易不发达，无金属货币，交换的规模也有限。

一直到了15至16世纪的时候，印加人才已经形成了职业世袭的手工业团体。手工业的发展，促进了贸易的发展，印加人的贸易逐渐开始兴隆，而且有了海上贸易。

印加人的金属加工业比较发达，他们不但懂得金、银、铜、铅、锡、汞的冶炼，还会冶炼各种合金，并知道利用汞来提纯黄金。金银主要用来制作装饰品和艺术品，其中有一种金蝴蝶的翅膀只有1／10毫米厚，重心找得非常准确，投出后能在空中盘旋。铜及其合金主要用来制造武器、日用器皿和利刃工具。但是，如同美洲其他印第安人一样，印加人一直不知道铁。印加人掌握了许多种金属加工工艺，如铸造、锻打、模制、冲压、镶嵌、铆接、焊接等。有研究认为，印加人的金银装饰品，其技巧可与欧洲文艺复兴时相比。

印加帝国时期的制陶业也有所发展。陶器的主要特点是具有引人瞩目的磨光技术、雅致的装饰、优美的几何图案和绚丽的色彩。他们在陶器的制作技术和饰因式样等方面不仅吸取了前人及同时期其他地区的经验，而且有进一步的发展。