南京解放之初，与上海一样被定为中央人民政府直辖市，是新中国成立之初的13个直辖市之一。

当时，江苏分为苏北与苏南两部分。苏北行政区于1942年4月21日成立，驻于泰州市，管辖泰州、扬州、盐城、淮阴、南通5个行政分区，囊括41个县、市。苏南行政区于1949年4月26日成立，驻无锡市，管辖无锡市与镇江、武进、苏州、松江4个行政分区，囊括27个县、市。

1952年9月，江苏省人民政府成立，苏北、苏南行政公署撤销。同年11月，中央人民政府委员会决定，将南京改为省辖市，江苏省人民政府设于南京。1953年，江苏省人民政府在南京正式成立。

1990年，南京被国务院列为国家计划单列市（中华人民共和国行政区名之一），被授予相当于省一级的经济管理权限，而不是省一级行政级别。计划单列市的收支直接与中央挂钩，由中央财政与地方财政两分，与省级财政脱离关系。出任这一行政区的官员级别相当于副省级。

1993年，中央政府准备撤销城市计划单列。1994年2月，省会城市取消计划单列，设立“副省级城市”。南京被定为副省级城市。副省级城市与其他城市的区别，主要在于国民经济与社会发展计划方面。国务院将副省级城市视为省一级计划单位，拥有省级政府的权限。

2002年4月，南京行政区划调整，南京管辖玄武、白下、建邺、鼓楼、秦淮、下关、雨花台、栖霞、浦口、江宁、六合11个区以及溧水、高淳两县。

2013年2月，南京再次进行行政区划调整，合并秦淮区、白下区，成立新的秦淮区；合并鼓楼区、下关区，成立新的鼓楼区；溧水县改为溧水区，高淳县改为高淳区。南京市由11区2县调整为11个区。