人们都知道，朱元璋建立明王朝之后，将都城定在了南京，但很少有人知道这并非他的本意。

公元1353年，朱元璋攻克定远后，听取了谋士冯国用的建议，以金陵作为他的根据地。公元1356年，朱元璋攻下集庆，把它改名为“应天府”。又经过了12年的艰苦奋战后，他终于击败了其他的割据势力，于1368年在南京称帝，国号“大明”。然而，当时并没有定下国都，直到第二年九月，他才召集群臣商议定都之事。当时备选的都城分别是：长安、洛阳、开封（当时称北京）、北平（今北京）、临濠（今安徽凤阳）、南京。朱元璋很想在自己的老家临濠定都，但在大臣刘基的极力劝说下，他还是将南京定为了都城。

南京被定为都城之后，有三个问题一直困扰着朱元璋。一是中国的政治中心一直在北方，建都南京偏于东南，不便控制全国；二是元朝残余势力仍虎视中原，伺机南下，建都南京有鞭长莫及的感觉；三是大内（皇宫）是填燕雀湖而成，地势下沉，朱元璋认为这破坏了风水，对子孙后代不利。出于这些原因，朱元璋一直想要迁都，他认为长安是一个不错的选择，于是就派太子朱标前去视察。然而，当时全国经济格局早非汉唐时代，长安地理位置过于偏西，经济上也较为贫瘠。他认识到迁都长安是行不通的，也就打消了迁都的意图。

公元1398年，朱元璋死后，他的四子朱棣从侄儿手中夺取了政权，并于公元1420年迁都北平。这一方面与北平是朱棣发迹之地有关，另一方面也与朱元璋不愿把南京作为都城有关。