随着议政王大臣会议对亲王、贝勒的权力逐渐实现制衡，其权力也不断扩大，无疑，这对皇权又构成一种威胁。顺治元年（1644年）开始，议政分为两种方式：其一，凡奉旨交办事件，由内阁转交后共同议核上奏；其二，举凡军国要务不由内阁票拟，而由议政王大臣“坐中左门外会议，如坐朝仪”，议政王大臣会议的权力可见一斑。康熙初年，发生过索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜四辅政大臣操纵议政王大臣会议以压抑皇权的事，因此，历代皇帝不得不对议政王大臣会议对皇权的威胁加以防范。

康熙元年（1662年），裁去八旗所设固定的二十四名议政大臣，康熙八年又因人员繁杂泄露机密，停止王府长史及闲散议政大臣议政。此后，议政大臣主要由满蒙八旗都统、尚书左都御史和内大臣三种官员充任了。此间，议政王大臣会议主要议处用兵、民族关系、边界和重大案件等四个方面的问题，如平定三藩之乱、攻占台湾、雅克萨之战、三征噶尔丹等，都由议政王大臣会议参与处理。

康熙十六年（1677年），设立南书房，由皇帝亲自挑选某些经过精审确定的亲信文人入南书房办事，组成自己直接控制的机要秘书班子，索额图、明珠、高士奇、熊赐履、马齐、张廷玉等先后参赞机密，代拟诏稿，裁处部务，成了真正的宰相，许多重大政务已不再交付议政王大臣会议讨论，改为由南书房传谕或遵旨起草上谕，甚至收纳来自各地的密奏小折，议政王大臣会议的地位受到了削弱，而皇权得到了更直接的行使。

雍正七年（1729年），为了加强和巩固绝对君权，设立了军机处，创建了朱批密折制度，不叫议政王大臣经理政务，一切都由皇帝“乾纲独断”，从根本上动摇了议政王大臣会议的基础，议政王大臣会议更是名存实亡，变成一些不当权的贵胄世爵挂靠之地，或者是给予一些大学士、尚书之类官僚例兼虚衔的部门。雍乾时期，皇帝专政集权体制已经发展到顶峰，作为军事民主合议制残留物的议政王大臣会议，当然已无存在的必要。乾隆五十六年（1791年），乾隆帝弘历下谕将其革除，谕旨称“国初以来，设立议政王大臣，彼时因有议政处，是以特派王大臣承充办理。自雍正年间设立军机处之后，皆系军机大臣每日召对，承旨遵办，而满洲大学士、尚书，向例俱兼议政虚衔，无应办之事，殊属有名无实。朕向来办事，只崇实政，所有议政空衔，著不必兼充，嗣后该部亦毋庸奏请”。议政王大臣会议正式被裁撤了。