印度密教在印度灭亡有两个主要原因：一是佛教自身为了迎合印度的外道，结果与外道合流而使自己融入于印度教中；二是伊斯兰教军队的屡次入侵与彻底摧毁，佛教没有了容身之地。
在波罗王朝偏安之初期，伊斯兰教的摩诃末将军就开始占领了印度河流域。公元10世纪后半期，伊斯兰教军队占领喀布尔并奠都于此，接着又入侵旁遮普，遂入内地，先后达17次。
到了公元11世纪，波罗王朝末期及斯那王朝时代，伊斯兰教军更加深入，终将佛教的最后据点之东印一隅，也一扫而光。于是，密教的大师星散，多经克什米尔诸地而避入中国西藏，部分则逃至尼泊尔一带。著名的那烂陀寺也只剩下70余人。不久王室改宗伊斯兰教，未逃出的佛教徒，均改信伊斯兰或印度教。公元12世纪末，佛教便在印度绝迹了。